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当李渊再次见到李世勣心里十分高兴任命他为行军总管。[燃^文^书库][][774][buy][]
窦建德不久之后便亲自率兵消灭了李商胡。李世勣背叛窦建德群臣请求杀死李世勣的父亲窦建德不准义释了徐盖。
那一刻李世勣料定自己的父亲必定会死在窦建德的手上。
当天夜里李商胡宴请曹旦的手下将领二十三人一起饮酒把他们灌醉后全部杀掉随后又设计杀死了三百名曹旦的士兵。李商胡起事后才派人通知了李世勣李世勣的大营与曹旦相距不远郭孝恪劝说李世勣袭击曹旦。正当李世勣犹豫不定的时候曹旦也获知了兵变的消息立即宣布严加戒备。李世勣知道先发制人的机会已经丧失而且自己兵力薄弱根本不是曹旦的对手所以不得不和郭孝恪一起率领几十名骑兵连夜逃离军营策马向关中狂奔而去。
这场兵变是由一个叫李文相、外号李商胡的人发动的。李商胡是据守孟津（今河南孟津东北）的一个民变首领拥有部众五千余人表面上投靠窦建德实则心存异志。李商胡的母亲霍氏也是一个江湖人物善骑射自称霍总管。母子俩与李世勣不谋而合很快结成了同盟李商胡还与李世勣结拜为兄弟双方原本约定在窦建德南下时一起动手欲共同袭击窦建德的大营。可如今计划落空霍氏大为不甘；加之曹旦的军队进驻河南后肆意侵夺骚扰令霍氏极为愤恨于是和儿子李商胡商议准备采取速战速决的策略。
就在李世勣彷徨无计的时候一场突然的兵变迫使他不得不抛下父亲奔回了长安。
李世勣大失所望。他本来的计划是：一旦窦建德抵达河南就袭击他的大本营然后救出父亲投奔长安。可现在计划却落空了李世勣想：看来归唐是遥遥无期了。
当窦建德准备亲率大军南下中原时她的妻子曹夫人刚好生产窦建德只好暂时搁置了南下的打算。
窦建德深以为然遂命行台曹旦（夫人曹氏的哥哥）率领先遣队五万人南渡黄河李世勣率三千人前去会师。
李世勣经郭孝恪提醒向窦建德献上了一条经略中原的计策。他说：“曹州（今山东定陶县）和戴州（今山东成武县）人口众多被孟海公占据他表面上依附东都实际上与王世充貌合神离。如果我们出动大军随时可以将其攻占一旦平定孟海公进而进逼徐州和兖州河南之地便可不战而平。”
李世勣在窦建德那里深刻体会到了身在曹营心在汉的人生困境。尽管李世勣一心想着再度归唐可父亲在窦建德手里让他投鼠忌器一筹莫展。
正月三十日李世勣来到了长安他是从窦建德的军中逃出来的。
正月二十九日李渊起程返回长安专门督办这件事。
李世民率轻骑前往河东觐见父皇。父子俩就眼前局势交换了看法认为突厥人是解决刘武周的最大变数它将一直影响到唐军平定天下、收拾东方群雄的大业。突厥始毕可汗早在去年二月便已病逝他的弟弟继位人称处罗可汗。处罗可汗还没有享受过与大唐结盟的甜头他在受到刘武周送上的宝物诱惑后派兵参加了攻打太原的行动。李渊和李世民商定立即向处罗可汗派出使节送上大量刘武周无法比拟的绸缎和珍宝请求处罗可汗断绝与刘武周的联盟恢复与大唐的传统友谊；并顺便请求处罗可汗派军队加入到唐军这边对刘武周作战等到将来收复太原后必将给予厚报。
随后李渊下令将王行本、独孤怀恩等人押回长安处决。
随后李渊派遣使者入城命独孤怀恩过河觐见。独孤怀恩不知道计划已经泄露单独乘一艘小船来到李渊的大营刚刚进入营门连李渊的面都没见着独孤怀恩就被逮捕了。